犬夜叉劇場版超越時空的思念全集動畫故事講述了在很久以前(大約在犬夜叉被封印之前的200年前),中國大陸妖怪(忽必烈汗)的飛妖蛾率領妖怪軍團攻打日本,當時由支配西國妖怪的犬夜叉的父親迎戰,經過一倫激戰,犬夜叉父親成功擊退了他們,同時用自己的牙將飛妖蛾他們封??;但是當戈薇回到過去將犬夜叉之封印解除及不小心用箭將“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方,其中有一塊碎片飛至飛妖蛾的妖怪被封印的地方,令飛妖蛾兒子瑪瑙丸蘇醒并繼承父親的妖力,于是他便找犬夜叉報仇。目的不是奪取“四魂之玉”,而是要狙擊持有鐵碎牙的犬夜叉(相信是瑪瑙丸為報復犬夜叉父親用他的牙封印飛妖蛾一事)。 當犬夜叉及戈薇等人像平時在尋找“四魂之玉”碎片的旅途中時,途中受到襲擊,經常陪伴珊瑚的云母被玻璃控制;為救珊瑚而使出風穴的彌勒,竟然被琉璃復制“風穴”的能力,珊瑚和彌勒還差點被琉璃的風穴吸進去,幸好楓婆婆及時出現并要箭趕走她們…… 另外瑪瑙丸卻親自找犬夜叉挑戰,而且瑪瑙丸手持的劍居然能令鐵碎牙回復原狀,犬夜叉經過幾次打斗后竟然不敵被打倒,而瑪瑙丸正想拾起鐵碎牙時,卻被它的結界所傷,于是便帶走戈薇…… 戈薇被帶至他們的巢穴,她更被玻璃用頭上的玉與四魂之玉結合成一塊紅玉放在她的額頭上。戈薇清醒后初時沒有什么問題,直至犬夜叉救了她后,與及瑪瑙丸取得新的力量后,戈薇整個身體被瑪瑙丸控制,沒有知覺的她竟然出手攻擊犬夜叉與及用箭射他(重復桔梗用箭射犬夜叉封印在御神木上的歷史!)后來戈薇回復知覺時才知道自己所做的一切,此時桔梗突然出現并責備戈薇,更將她推落食骨井令她永遠不要見犬夜叉! 到底犬夜叉會否真的被封???戈薇能否回到古代?珊瑚與彌勒怎樣去應付琉璃與玻璃呢?蘇醒了犬夜叉能否打敗新力量的瑪瑙丸呢?