《黑狼行動之迷你俠》主要圍繞主人公阿強(張強飾)的勵志故事展開。據說阿強出生時,小山村上空電閃雷鳴,這賦予了阿強能放電的超能力,也因此阿強的身高永遠維持在不足一米的高度。八歲的阿強在藝校里結緣阿娟(歐宇寧飾),兩人相依練舞不離不棄。然而美好的時光總是短暫的,這對青梅竹馬也在阿強進城發展后分別。 不料阿強所在的劇組慘遭黑狼(時曉飛飾)設計破產,阿強開始了顛沛流離的生活,而就在一次逃命中,阿強被偽裝成道具師的特警教官三哥(張瓊飾)搭救并收留。另一邊,長大后的阿娟成了一名警察,奉命潛入黑狼身邊尋找犯罪證據和病毒芯片。阿強和阿娟在黑狼投資的電影的片場相遇,陰差陽錯之下,儲存著制作變異病毒方程式的芯片落在了不知情的阿強的口袋里……阿娟和三哥的身份被黑狼識破,黑狼綁架了阿娟逼三哥交出病毒芯片,醫學博士已成功研發出初代病毒,重重危機令三人陷入絕境……